EVENTO
Execução Eficiente de Workflows Científicos de Bioinformática em Ambientes de Computação de Alto Desempenho
Tipo de evento: Seminário de Avaliação - Série A
Ambientes de computação de alto desempenho oferecem suporte à execução de experimentos complexos em diversas áreas, inclusive na Bioinformática. Esses experimentos podem ser modelados como workflows científicos e executados por meio de sistemas de gerenciamento de workflows científicos, dentre eles o Parsl. Entretanto, os workflows científicos podem apresentar tarefas com diferentes níveis de paralelismo e uma variedade de parâmetros, exigindo, assim, múltiplas execuções com diferentes combinações de parâmetros para finalizar o experimento científico. Apesar de demandar uma grande quantidade de recursos durante a maior parte de sua execução, o workflow é geralmente executado por meio da alocação fixa de recursos para todas as suas etapas. Tal alocação pode resultar em recursos ociosos, ou seja, recursos não utilizados em determinados estágios, devido à baixa carga de trabalho oriunda das tarefas que estão sendo executadas naquele momento. Logo, para execução de workflows científicos é necessário que se busque minimizar o tempo total e a quantidade de recursos ociosos. Diante disso, este trabalho visa implementar uma abordagem que utiliza a biblioteca Parsl para permitir o gerenciamento e a execução de workflows científicos de bioinformática em ambientes de computação de alto desempenho, com foco no supercomputador Santos Dumont. Para isso, foi desenvolvido um executor para o Parsl que permite asubmissão e execução personalizada de tarefas, contornando a alocação fixa de recursos durante toda a execução do workflow. Foram implementadas diferentes heurísticas de sequenciamento e agrupamento de tarefas, adaptadas ao funcionamento da biblioteca, bem como alternativas de submissão e execução voltadas a reduzir tanto o tempo de espera em filas quanto a ociosidade dos recursos. Além disso, o desempenho do executor foi avaliado por meio de testes utilizando workflows reais de bioinformática. O executor desenvolvido no presente trabalho encontra-se funcional e apresentou desempenho promissor, com um tempo de execução próximo à forma atual como os workflows são executados e ainda sendo capaz de agregar novas funcionalidades ao Parsl. Mostrando-se assim uma solução com potencial inovador para a otimização da execução de workflows científicos em ambientes de computação de alto desempenho.Evento HíbridoLocal: Auditório BLink de transmissão: meet.google.com/hmi-bbsi-evu
Data Início: 29/09/2025 Hora: 09:00 Data Fim: 29/09/2025 Hora: 12:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Rafael de Souza Terra - - LNCC
Orientador: Carla Osthoff Ferreira de Barros - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Diego Moreira de Araújo Carvalho - - Kary Ann del Carmen Ocaña Gautherot - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Hiago Mayk Gomes de Araujo Rocha - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Kary Ann del Carmen Ocaña Gautherot - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior - German Cancer Research Center - DKFZ
Suplente Banca Examinadora: Marcelo Trindade dos Santos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
